芷溪历史悠久，因古时村边溪流两岸长满芷草而得名，芜山岗中心坪曾发现西周时期的陶罐。南宋以前属新罗县、长汀县，南宋绍兴三年置莲城县，属古田乡表正里。元代、明代汀州升为路、府，芷溪属连城县表席里。明清至民国时期，芷溪设保属连城县，后为崇新乡政府驻地。苏维埃时期，先后设新泉县、新杭县、新汀杭县，芷溪均为区政府驻地。中华人民共和国成立后，连城县成立，设芷溪乡，后拆为芷溪、芷民两乡。1958年，芷溪设建制镇，为连城县5镇之一。同年改为人民公社，次年撤销公社划入新泉公社。1972年，庙前公社成立，设芷溪、芷红、芷星、芷民、坪头、芷联等大队。1984年9月，庙前公社改设镇，芷溪、芷红、芷星、芷民、坪头、芷联设为行政村，即目前之建制。一般来讲，芷溪包括芷溪、芷红、芷星、芷民、坪头、芷联6个行政村，下辖店背、华屋、邱坑、草坪、寨上、背园等自然村，村落面积约10.8平方公里，共2994户11930人，主要聚居黄、杨、邱、华四姓客家人，黄、杨两姓居多。

芷溪明清时期商业发达，繁荣达到鼎盛。特别是清康熙时期，至潮州的航运开通后，一方面芷溪当地拱桥店、凉棚街、三角坪和十字街等街道兴建起来，另一方面外出经商的人也逐渐多起来。芷溪的繁荣使其成为连南一带的商业中心之一，每月逢五逢十的墟市至今不衰，吸引着方圆几十里的商客。在外的芷溪商人，多为从事经营木材和纸品，并出现了许多巨商大贾，比较出名的有“两代三个百万公”。现今，芷溪的经济支柱为竹席、竹筷加工，原料主要来自莒溪和上杭等地，据统计，有竹席加工企业20多家，竹筷加工户10多家，同时拥有连城县最大的藤竹木器批发市场。

芷溪历来重视文化教育，过去曾为连城、上杭、长汀一带的文化中心，据不完全统计，明清至民国时期，出了文进士4人，武进士2人，举人20多人，秀才300多人，赴外国留学4人。明朝中叶创立了首家书院“桃源精舍”，至清朝康乾盛世，陆续创建种石山房、琢玉山房、蹑云山房、北溪草堂、仙高岽书院等多家书院和10多家私塾。民国和苏维埃时期，先后建立多所新式小学和工农子弟学校。1935年创办正规小学，1937年建胡文虎校舍，建国后又先后创办小学多所。抗日战争时期，省立龙溪高级工业职业学校曾迁到芷溪办学。1943年创办连城县第二所中学。几经调整后，芷溪现有中学1所，中小1所，小学1所，幼儿园多所。

芷溪居民重视宗祠建筑，缘于客家人慎终追远、敬祖睦宗的传统美德。明清以来，芷溪先民先后建了74座古宗祠，138幢古民居，这些规模宏大的明清时期建筑，被客家研究人士誉为“客家大宅门”（Hakka's Great Old Mansions ）。 这些古建筑除一部分是专门作祭祖联宗用外，其他都是祠居合一的复合型建筑，普遍采用客家地区“九厅十八井”结构布局建造，门庐威严，庭院舒畅，雕梁画栋，飞檐翘角，雄伟壮观，气势恢宏，美仑美奂。这些建筑设计科学，实用性极强。宗祠门窗众多、空气对流较好，加上合理的天井，通风采光良好，热天不觉闷热，雨天不潮湿。与此同时，古宗祠在设计上还兼顾了防火与实用。宗祠内有月池、水井，围墙外水沟环绕，常年有从村外引来的溪水流过。这些设置既利洗涤排污，又利蓄水救火。月池还可种植荷花以供观赏。芷溪古宗祠祖屋内文化内涵极为丰富。不仅有黄庭坚、何绍基、邱振芳、孟超然、伊秉绶、廖怀清、林则徐等名贤墨宝，而且有众多朝廷所赐的功德牌匾。这些古建筑中，比较有代表性的有庚福公祠、龟山公祠、杨辉公祠、峻亭公祠、澄川公祠、翠畴公祠、孝友祠、孔怀堂公祠、华岳公祠、隐轩公祠、耀南公祠、峻亭公祠、渔溪公屋、培兰堂、余庆堂、永裕堂、万斯堂、织丝堂等。

芷溪的民俗文化也独具特色。农历正月有出游花灯、红龙缠柱、犁春牛、十番音乐、走古事、汉剧演出等。特别值得称道的是芷溪花灯，由苏州引进，迄今已有三百年历史。芷溪花灯以官灯为主灯，外围配上花篮、纱灯、牡丹灯、鳖鱼灯，再画上字画或装制罗汉、古装人物等，共由99盏（或108盏）小灯组合而成。点灯用特制玻璃杯装蒸过的茶油、花生油和煮晒精选的灯芯。点上火时，色彩斑斓、美轮美奂，被称为“纸包火”的奇迹。每年正月，芷溪按姓氏轮流出灯，花灯由各自房屋抬出，配以苏州锣鼓和十番乐队，走街入巷，前呼后拥，在漆黑的夜晚，形成一道精美的火树长龙，花团锦簇，琳琅满目，美不胜收。